Подробное описание страницы STRING

Это страница сервиса STRING с интерактивной визуализацией сети белок-белковых ассоциаций для человека (Homo sapiens). Страница показывает, что выбранные белки функционально связаны между собой и образуют компактную биологическую сеть.

Что видно на странице

• в верхней части — стандартная навигация STRING: Search, Download, Help, My Data;
• справа вверху — ссылки Login, Register, Survey;
• в центре страницы — основная сетевая диаграмма;
• ниже — панель вкладок: Viewers, Legend, Settings, Analysis, Exports, Clusters, а также кнопки More и Less;
• ниже вкладок — поясняющие блоки и таблица с краткими аннотациями белков.

Главный объект страницы

В центре расположена диаграмма сети с заголовком: 5 nodes (human) - STRING interaction network. Это означает, что на странице показана сеть из 5 белков человека.

Каждый круглый узел в диаграмме — это отдельный белок. Рядом с узлом стоит подпись, а внутри кружка может быть небольшое изображение структуры белка. Линии между узлами показывают функциональные ассоциации между белками.

Какие белки показаны

1. MSH2 — белок системы репарации несоответствий ДНК (DNA mismatch repair).
2. ERCC6L2 — белок, связанный с ранним клеточным ответом на повреждение ДНК.
3. SBDS — белок, участвующий в созревании рибосом; также упоминается возможная роль в клеточном стресс-ответе и реакции на повреждение ДНК.
4. RAD51 — ключевой белок гомологичной рекомбинации и репарации ДНК.
5. FANCM — важный компонент пути анемии Фанкони, участвующий в обработке повреждённых участков ДНК и поддержании стабильности генома.

Как организована сеть визуально

По расположению узлов видно, что FANCM находится примерно в центре сети и выступает как центральный узел. Остальные белки располагаются вокруг него:

• MSH2 — справа и ниже;
• ERCC6L2 — справа и выше;
• RAD51 — ниже и левее;
• SBDS — выше и левее.

На диаграмме видны следующие связи:

• MSH2 ↔ FANCM
• MSH2 ↔ RAD51
• FANCM ↔ ERCC6L2
• FANCM ↔ RAD51
• RAD51 ↔ ERCC6L2
• SBDS ↔ FANCM

Из-за этого сеть выглядит как компактный функциональный модуль, центрированный вокруг механизмов репарации ДНК и ответа на повреждение генома.

Что означают цветные линии

Рёбра в STRING могут содержать несколько цветных сегментов или параллельных линий. Это означает, что связь поддерживается разными типами доказательств. На этой странице доступны или упоминаются следующие типы:

• Experiments — экспериментальные данные;
• Textmining — совместные упоминания в научной литературе;
• Coexpression — сходство профилей экспрессии генов;
• Cooccurrence — совместная встречаемость в разных геномах;
• Neighborhood — геномное соседство;
• Homology — гомология белков;
• также в легенде STRING обычно упоминаются curated databases и fusion, хотя для данной сети некоторые режимы отключены.

Нижняя панель и вкладки

Под сетью есть навигационная панель с несколькими вкладками:

• Viewers — выбор разных режимов просмотра доказательств;
• Legend — легенда, поясняющая значения узлов и рёбер;
• Settings — настройки сети;
• Analysis — аналитический блок;
• Exports — экспорт данных;
• Clusters — кластеризация узлов;
• More / Less — увеличение или уменьшение количества узлов в сети.

Что видно во вкладке Viewers

В этом блоке доступны режимы:

• Network — обычный обзор сети;
• Neighborhood — соседство генов;
• Experiments — экспериментальные доказательства;
• Cooccurrence — ко-встречаемость;
• Textmining — текстмайнинг;
• Coexpression — коэкспрессия.

Также видны отключённые для этой сети пункты:

• Databases — отключено, потому что для этой сети нет соответствующих данных;
• Fusion — тоже отключено.

Что видно во вкладке Legend

Легенда поясняет, что:

• узлы представляют белки;
• рёбра представляют белок-белковые ассоциации;
• ассоциация не обязательно означает прямое физическое связывание;
• узлы могут быть цветными или белыми в зависимости от роли в сети;
• заполненные узлы могут указывать на наличие известной или предсказанной 3D-структуры;
• цвета линий соответствуют разным источникам данных.

Таблица с аннотациями белков

Ниже страницы находится таблица с краткими функциональными описаниями всех 5 белков. Из этих описаний видно, что большая часть сети связана с темами:

• репарация повреждений ДНК;
• поддержание стабильности генома;
• ответ клетки на генотоксический стресс;
• специализированные пути ремонта ДНК, включая mismatch repair, homologous recombination и Fanconi anemia pathway.

Главный смысл страницы

Эта страница показывает, что белки MSH2, ERCC6L2, RAD51 и FANCM образуют логичную функциональную группу вокруг репарации ДНК и контроля геномной стабильности. Белок SBDS выглядит более необычным участником, поскольку его основная функция связана с биогенезом рибосом, однако STRING показывает его функциональную связанность с этой сетью, что может указывать на более широкий клеточный контекст — стресс-ответ, пролиферацию или косвенное участие в процессах, связанных с повреждением ДНК.